确认劳动关系的部门主要有两个：
劳动争议仲裁委员会：
依据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条和《中华人民共和国劳动合同法》第七条，劳动争议由劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会管辖。劳动争议仲裁委员会专门负责处理劳动关系方面的争议，能够为劳动者提供权威且公正的劳动关系认定服务。
法院：
如果劳动者对劳动仲裁委员会的裁决不服，还可以依法向法院起诉，由法院来确认劳动关系。
因此，劳动者在确认劳动关系时，可以先向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，如果对仲裁结果不满意，再向法院提起诉讼。