农药管理主要由以下部门负责：
国务院农业行政主管部门：
负责全国的农药登记和农药监督管理工作。
省、自治区、直辖市人民政府农业行政主管部门：
协助国务院农业行政主管部门做好本行政区域内的农药登记，并负责本行政区域内的农药监督管理工作。
县级人民政府和设区的市、自治州人民政府的农业行政主管部门：
负责本行政区域内的农药监督管理工作。
县级以上各级人民政府其他有关部门：
在各自的职责范围内负责有关的农药监督管理工作。
农业局下属的农业执法局（内设局）：
也称为农业执法大队，负责执行农产品质量安全、农产品批发市场质量安全检测；种子生产许可、种子经营许可等。
农业局农药质量检测研究所、农业局行业监察大队、工商行政管理局以及技术质量监督局：
等相关职能部门具备对农药市场进行全面化管理的职责与权力。
农业部种植业管理司（2017年10月后加挂“农药管理局”牌子）：加强统筹协调，全力抓好农药管理各项工作。
这些部门共同协作，确保农药的安全、合理使用，保护农业生产和生态环境