员工社保的扣款方式主要有以下几种：
单位代扣代缴
用人单位负责代扣代缴员工的社会保险费用，包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险。
缴纳时，个人缴费部分和单位缴费部分需要一并缴纳，不能只缴纳其中一方。
社保机构会在下月划款时一并划转社保费用。如果连续三个月未能划款成功，将停止缴费人的社会保险缴费业务。
银行代扣
个人可以通过银行代扣方式缴纳社保费用。需要到当地社保局办理银行代扣业务，每个月往银行卡存钱，银行直接扣款。
个人自行缴纳
无雇工的个体工商户、未在用人单位参加社会保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员，可以直接向社会保险费征收机构缴纳社会保险费。
扣款时间和方式
单位代扣代缴
社保费用通常在每月的固定日期（如每月15日至25日）由单位从员工工资中扣除，并统一缴纳至社保账户。
银行代扣
灵活就业人员需要在规定时间内（如每月25日前）将足额的社保费用存入与社保账户绑定的银行卡，以便银行进行代扣。
注意事项
员工应确保在扣款日前足额缴纳个人应缴部分的社保费用，以免影响社保待遇的享受。
如果发现扣款失败，应及时联系单位和社保机构，确保社保费用的及时缴纳和划转。
通过以上方式，员工社保费用得以按时足额缴纳，保障了员工的社保权益。