驾驶证合并后的扣分规则如下：
合并后的扣分按12分算：
无论是摩托车驾驶证还是汽车驾驶证，合并后的扣分都是按照12分制来计算。当驾驶原准驾车型的机动车发生交通违法记分，或者驾驶新增准驾车型的机动车发生交通违法记分，这些记分都会合并计算，且满分为12分。
记满后需缴清罚款：
记分周期结束时，记分会自动清除，但在此之前，驾驶人需要及时缴清所有罚款。
按最高级别驾照扣分：
如果驾驶人驾驶任何一种车型违章，扣分将直接记在最高级别的驾照上。例如，如果C1驾照和D驾照合并后，驾驶人驾驶摩托车违章，那么扣分将记在C1驾照上。
违法行为计入相应扣分记录：
在驾驶过程中违反交通规定被交警查处并扣分，将根据所持驾照的类型和违法行为的性质和情节，计入相应的驾驶证扣分记录中。
需参加学习和年审：
如果驾驶证合并后的扣分达到12分，驾驶人需要参加科目一的考试，通过后才能重新领取机动车驾照。
综上所述，驾驶证合并后，驾驶人需要遵守交通规定，确保记分及时清除，并在扣分达到12分时参加学习和年审。这样可以避免因扣分过多而导致驾驶证被注销，从而保持驾驶资格。