协议书可以使用多种笔进行书写，具体选择哪种笔主要取决于个人习惯、实际需求和法律规定。以下是一些常见且被广泛接受的选项：
黑色签字笔：
黑色签字笔是签订协议时最常用的笔，因为其字迹清晰、持久且不易褪色。它符合正式文件的规范性要求，并且容易被接受作为证据。
蓝色签字笔：
虽然法律上没有明确规定蓝色笔迹签订的合同无效，但实践中建议使用黑色签字笔。蓝色笔迹易随时间发生变化，不易保存。
碳素笔：
碳素笔笔迹稳定，不容易变化，适合用于需要长期保存和可能进行笔迹鉴定的场合。碳素墨水写的书法文物，上千年下来笔迹都清晰的很，甚至用水洗都没有问题。
钢笔：
钢笔书写的字迹较为清晰且持久，但需要定期保养，且墨水用尽时需要更换笔芯。
圆珠笔：
圆珠笔的油墨可能会随着时间推移而发生变化，影响字迹清晰度，因此一般不建议使用。
铅笔：
铅笔字迹容易被涂改，且保存时间相对较短，一般不建议使用。
毛笔：
毛笔虽然富有艺术感，但不利于正式文件的统一和规范，通常不用于签订正式文件。
建议
首选黑色签字笔：从实践角度和证据效力考虑，建议优先使用黑色的钢笔或签字笔，以确保合同的有效性和可证明性。
考虑笔迹稳定性：如果需要长期保存合同，碳素笔或黑色签字笔是更好的选择，因为它们的笔迹稳定且不易变化。
遵守法律规定：虽然法律上没有严格限定合同签字用笔的类型，但使用不稳定的笔迹可能会影响合同的法律效力。
综上所述，选择合适的笔种对于确保协议书的法律效力至关重要。建议优先选择黑色签字笔，并在必要时考虑使用碳素笔。