在公司部门合并的情况下，员工的安排通常遵循以下原则：
员工权利与选择
自由选择：员工有权选择是否留在合并后的公司。如果选择离开，员工可以向公司申请一定的补偿。
补偿与裁员
经济补偿：如果公司因部门合并需要裁员，应按照《劳动合同法》的规定支付经济补偿。补偿标准通常为工作满一年支付一个月本人工资，不满半年按半年计算，满半年不满一年按一年计算。
优先留用：在裁员时，单位应优先留用与单位订立较长期限的固定期限劳动合同、无固定期限劳动合同的员工，以及家庭无其他就业人员且有需扶养老人或未成年人的员工。
组织架构与岗位调整
新组织架构：合并后，通常会发布新的组织架构和人员安置办法，并对新岗位进行相应调整。
岗位职责：新的岗位设置可能会导致某些员工的职责发生变化，员工需要适应新的工作内容和要求。
法律与程序
合并协议：合并各方需签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。
通知与公告：公司需在作出合并决议后十日内通知债权人，并在三十日内在报纸上进行公告，以便债权人提出异议。
债权与债务承继
债权债务承继：合并后，原公司的债权、债务将由存续或新设的公司承继。
其他安置方式
股权支付：在某些情况下，公司可能会选择以股权形式支付员工经济补偿金，但这受到《公司法》中关于股东人数限制等障碍的影响。
债权支付：在支付能力较差的情况下，公司可能会将员工的经济补偿金转为改制企业的负债，员工持有改制后企业的债权并根据相应规定获得清偿。
建议
沟通与协商：在合并过程中，公司应与员工进行充分沟通，解释合并的原因、目的及可能带来的变化，以确保员工理解并支持合并。
透明处理：公司应确保合并过程中的决策和执行过程透明，避免引发员工不满和纠纷。
心理辅导：对于因合并而面临裁员的员工，公司应提供必要的心理辅导和支持，帮助他们顺利过渡。
灵活安置：公司应考虑员工的实际情况，提供多样化的安置方案，如转岗、培训等，以最大限度地减少对员工的影响。