南昌拥有多所著名的书院，其中包括：
豫章书院：
位于南昌府进贤门内，始建于南宋，为清代江西省城书院，以理学祠、孝廉堂、书院等形式出现，为古代江西学术思想的传播、人才培养的著名官学机构。
东湖书院：
始建于宋嘉定四年（1211年），由丰有俊倡建于李寅涵虚阁故址，宋代黄翰、李燔、饶鲁曾讲学其中，江万里、程文海在此游学。
友教书院：
又名澹台祠书院、友教堂，洪州地方官钟薄发现澹台灭明墓后修澹台祠，后改为友教书院，取意于子羽南来友教于豫章（南昌），祀澹台子羽明。清朝时迁至今棉花市小学，明万历年间巡抚王佐移于棉花街，改称澹台祠书院。
经训书院：
清代江西古书院，与豫章书院、东湖书院、友教书院并称为南昌四大书院。
这些书院在历史上对南昌乃至整个江西地区的学术思想和人才培养产生了深远的影响。