国税系统主要负责征收的税种包括：
增值税
消费税
进口产品增值税、消费税、直接对台贸易调节税（海关代征）
铁道、各银行总行、保险总公司集中缴纳的营业税、所得税、城市维护建设税
中央企业所得税
地方银行和外资银行非银行金融企业所得税
海洋石油企业所得税、资源税
证券交易税
外商投资企业和外国企业所得税及地方附加
出口产品退税
车辆购置税
储蓄存款利息所得个人所得税
地方和外资银行及非银行金融企业所得税
个体工商户和集贸市场缴纳的增值税、消费税
中央税的滞纳金、补税、罚款
印花税（证券交易部分）
境内外商投资企业和外国企业企业所得税（已废除）
这些税种中，增值税和消费税是国税的主要税种，而企业所得税、个人所得税、资源税等则是国税的重要收入来源。国税系统负责征收的税种数量虽然不多，但其征收范围广泛，征收税额也较大，是中央政府收入的重要部分。