根据《中华人民共和国土地管理法》和《城乡规划法》，农村自建房的层数 受到严格限制，一般情况下，农房的最高层数不得超过三层，且总高度不应超过16米。这是为了确保建筑安全和周边环境的协调。此外，根据《乡村建设规划许可管理办法》，一般农村住房不得超过三层，建筑总高度不超过12米。不同地区的具体规定也有所不同，例如江浙沪地区通常限制在两层到三层之间，而北方一些地区在确保安全的前提下，可以适当放宽至三层。
因此，农村自建房的最高层数一般为 三层。在实际操作中，还需经过专业设计和审查，并符合当地的具体规定和要求。