收取水利基金的主要原因和目的如下：
支持水利建设和管理
水利基金是政府为加强水利建设与管理而设立的专项资金，通过征收的方式筹集资金，用于水利基础设施的建设、维护和水资源的保护。
确保水利建设的持续投入
征收水利基金的目的是确保水利建设的持续投入，促进水资源的可持续利用。通过集中资金，用于重点水利工程的建设与维护，提高水资源利用效率，保障防洪抗旱能力，改善人民群众的生活条件。
应对特殊情况下的资金需求
对于一些特殊情况下的申请者，可能会面临支付水利基金的困难。水利部门实行了水利基金的减免政策，并及时发布水利基金减免报告，以保障相关申请者的权益。
专项用于水利建设
水利建设基金是专项用于水利建设的政府性基金，其计税依据是从征收的城市维护建设税中划出不少于15%的资金。
资金来源多样化
我国的水利资金来源渠道广泛，包括国家计划投入的基建资金、国家财政拨入的事业经费、各种信贷资金、水费和其他经营性收入等。水利基金的征收也是这些多渠道资金来源的一部分。
公平性和合理性
水利基金的征收方式和标准因地区而异，根据用水主体的用水量、用途和所在地区等因素来确定征收标准。政府会结合当地实际情况，制定合理的征收方案，确保征收的公平性和合理性。
资金使用的透明度和效益
征收来的水利基金必须专款专用，主要用于水利项目的投资、水利设施的建设与维护等。政府会建立严格的管理制度，确保资金使用的透明度和效益，并接受社会各界的监督，防止资金被挪用或滥用。
综上所述，收取水利基金是为了支持水利建设和管理，确保水资源的可持续利用，并通过多种渠道筹集资金，确保资金使用的透明度和效益。