如果您的商调函已经过期，且档案尚未办理完毕，您可以采取以下措施：
重新开具商调函：
您可以向原开具商调函的人才交流服务中心或相关部门申请重新开具一份新的商调函。通常情况下，商调函会注明具体日期和最后期限，不同地区的人事部门会根据具体情况设定合适的时间期限。
联系原单位：
如果商调函是由您的原单位开具的，您可以联系原单位的人事部门，说明情况并请求重新开具商调函。
咨询当地人事部门：
您也可以咨询当地的人事部门，了解具体的重新开具商调函的程序和要求，以确保流程顺利进行。
法律途径：
如果因为某些原因，重新开具商调函遇到困难，您可以咨询专业律师，了解是否有其他法律途径可以解决问题。
请注意，重新申请商调函可能需要一定的时间和程序，因此建议您尽早处理，以避免进一步延误。