工资单上被扣掉的费用主要包括以下几项：
五险一金
养老保险
医疗保险
失业保险
工伤保险
生育保险
住房公积金
个人所得税
根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例，工资薪金所得需要缴纳个人所得税。个人所得税的计算通常基于扣除五险一金后的收入，适用超额累进税率，并有速算扣除数。
其他法定扣除
人民法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费
法律、法规规定的其他可以从工资中扣除的费用
用人单位代扣代缴的费用
员工个人负担的社会保险费（包括基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费等）
法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费
赔偿金：如因员工本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，并从工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%
用人单位依法制订的规章制度中规定的违纪经济处罚
用人单位可以对员工进行违纪经济处罚，并从工资中扣除相应金额
需要注意的是，用人单位在代扣代缴上述费用时，必须遵守相关法律法规的规定，并且需要向劳动者明确告知扣除的项目和金额。此外，用人单位不得随意克扣劳动者工资，只有在法定情况下才能进行代扣代缴。