南京职工医保的报销主要分为门诊报销和住院报销两种情况，具体流程如下：
门诊报销
办理材料
身份证或社会保障卡的原件；
定点医疗机构专科医生开具的疾病诊断证明书原件；
门诊病历、检查、检验结果报告单等就医资料原件；
财政、税务统一医疗机构门诊收费收据原件；
医院电脑打印的门诊费用明细清单或医生开具处方的付方原件；
定点药店：税务商品销售统一发票及电脑打印清单原件；
代办人身份证原件（如果代人办理）。
办理流程
携带上述材料到当地社保中心相关部门申请办理；
经审核，资料齐全、符合条件的，可以即时办理；
报销时先扣除本社保年度内划入医疗保险个人帐户的金额，再核定应报销金额。
住院报销
办理材料
住院审批单、门诊病历、身份证、双处方本及首页（带照片一页）复印件等有关资料；
已联网的医院，由职工个人先垫付住院押金，出院时由微机结算费用，职工只缴纳个人应负担部分的医疗费用；
未实现联网的医院，由职工个人全额结算住院医疗费，每季度末由单位统一到医疗保险经办机构报销。
办理流程
参保人住院时，需携带上述资料先到医疗保险经办机构办理审批手续；
已联网的医院，出院时微机结算费用，职工支付个人应负担部分；
未实现联网的医院，出院后由单位统一到医疗保险经办机构报销。
零星报销
办理材料
医疗费用的医保票据（异地提供医疗费用票据）原件；
出院小结、医疗费明细清单；
“门特”、“门慢”：门诊病历、双处方底联、检查化验单；
抢救：门诊病历、医疗费明细清单、出院小结（或死亡证明）。
办理流程
申请人递交材料；
前往南京市市级社会保险经办机构受理，审核申请材料；
打印《南京市城镇职工基本医疗保险零星报销费用交接单》给申请人，完成报销。
注意事项
报销时必须出示本人社保卡并刷卡就诊，未出示卡证或就诊类别告知不清的，医保基金不予支付。
参保人员在定点零售药店购药，须出示本人市民卡，按有关政策刷卡购药，代购药品时需出示参保人员及代购人的身份证。
中断缴费不超过3个月（含），并按时足额补缴医疗保险费的，视作连续参保，期间发生的医疗费用按规定享受职工医保待遇。
建议：
参保人员在办理报销时，应提前准备好所有必要的材料，并按照规定的流程进行申请，以确保顺利享受医保待遇。